Se dedicó inicialmente a la carrera de las armas, distinguiéndose en la guerra contra Génova en el Monferrato y en el asedio de Verrua (1625). En 1627 fue enviado por su padre a Roma a casa del príncipe Mauricio de Saboya, viejo amigo de la familia, de quien se convirtió en ‘gentiluomo di camera’. En contacto con el entorno cultural e intelectualmente estimulante del Cardenal Maurizio, uno de los mecenas más famosos de la época, desarrolló un profundo y amplio interés en los campos musical, literario y artístico. De regreso a Turín en 1627, bajo el seudónimo de Fillindo il Costante, ingresó en la Accademia dei Solinghi, fundada por el cardenal ese mismo año. Así comenzó para Filippo, dotado de un refinado y exquisito talento en las artes, una rica y fructífera creación de ballets y representaciones para la Corte de Turín, en su mayoría ambientadas en sugerentes espacios abiertos en los jardines de las residencias de Saboya. Sus obras más importantes y conocidas fueron “Il Tabacco”, “Il Gridelino” y “Los habitantes de las montañas”, polémicamente representadas en París en 1631 ante la corte francesa y el cardenal Mazarino con motivo de las reuniones oficiales, tras el tratado de Cherasco.

Escudo de familia de los San Martino d'Agliè

En 1630 Felipe conoció a Vittorio Amedeo I de Saboya y su esposa María Cristina de Borbón-Francia en Cherasco; su atractivo no pasó desapercibido para la joven duquesa. En 1631 fue nombrado alférez de la compañía de armaduras de la guardia del duque y probablemente fue en estos años cuando entabló relación con la duquesa de Saboya. El suyo fue un amor profundo y sincero que duró el resto de sus vidas. Tras la muerte del duque en 1637 y la asunción de la regencia del Ducado por María Cristina, debido a la menor edad de Francesco Giacinto di Savoia, Filippo d'Agliè se convirtió en el consejero predilecto y más íntimo del soberano, en una forma sustancialmente difícil para el Ducado de Saboya, obligado a sufrir la constante injerencia de Francia y enfrascado en la Guerra de los Treinta Años.

La regente Maria Cristina y Filippo d'Agliè debían contrarrestar los objetivos de Luis XIII y el cardenal Richelieu y, al mismo tiempo, la oposición antifrancesa de los cuñados proespañoles, el cardenal Maurizio y el príncipe de Carignano, Tommaso. Francesco di Savoia, hermanos del difunto Vittorio Amedeo I. María Cristina no era bien vista por los piamonteses, en su mayor parte ligada a sus cuñados (los príncipes), ya que la población se oponía a los Franceses, solo nominalmente aliados, pero que de hecho se comportaron como verdaderos amos. Sobre todo, el pueblo acusaba a Felipe de Agliè de acumular riquezas en detrimento de las arcas del Estado . También se decía que Felipe y la duquesa se habían casado en secreto y se acostaban juntos casi todas las noches. El 4 de octubre de 1638 moría el joven Francesco Giacinto y en poco tiempo, insistentes rumores hacían sospechar que el nuevo duque, Carlo Emanuele, de apenas cuatro años, era en realidad hijo del conde y de María Cristina. Luego de una serie de incidencias durante el año 1639 y obligados por los franceses, Felipe y María Cristina abandonaron la ciudad el 4 de agosto rumbo a Saboya.

En septiembre de 1639, en Grenoble, en una serie de reuniones que se prolongaron hasta octubre, Filippo de Agliè defendió enérgicamente a María Cristina de las peticiones de Richelieu y Luis XIII, es decir, de ceder lo que quedaba de los territorios del ducado de Saboya y, sobre todo, aconsejó a Madama Reale que no enviara a París al joven duque Carlo Emanuele. Iniciadas cordialmente, las reuniones se hicieron cada vez más hostiles y Richelieu llegó a amenazar tanto a Felipe como a la duquesa, .acusados ​​de inmoralidad por su relación, pero en vano. Durante la nochevieja de 1640 Filippo d'Agliè fue arrestado por los franceses y sin ninguna acusación específica, a pesar de las protestas de María Cristina, primero fue llevado a la ciudadela de Turín y luego con nutrida escolta a la torre del castillo de Vincennes, donde fue tratado con todos los respetos de su rango. Durante su encarcelamiento Filippo compuso “La prisión de Fillindo el Constante”, una obra en verso llena de alegorías de estilo barroco. Solo después de la muerte de Richelieu el 4 de diciembre de 1642, el conde finalmente pudo ser liberado para regresar al Ducado de Saboya. Mientras tanto, el 14 de junio de 1642, María Cristina había estipulado la paz con sus cuñados, en la que se la reconocía como tutora única de Carlo Emanuele II: los príncipes habrían tenido un asiento en el consejo de regencia.

Filippo d'Aglié en 1643 retomó su actividad como dramaturgo y coreógrafo, componiendo ballets y organizando fiestas y recepciones para la corte, siendo nombrado Gran Maestre de las fábricas y Superintendente de Finanzas (1646) por Cristina de Francia, cargo que le permitió dirigir la construcción del castillo de Valentino, la iglesia de Santa Teresa y San Francesco da Paola y la Viña de Madama Reale (Villa Abegg). En 1644 se representó el ballet “El ave fénix” renovada y al año siguiente le tocó el turno al carrusel “El oriente beligerante y celebrante”. En 1645 fue nombrado mariscal general del ejército y finalmente gran maestre de la Casa de Saboya. En estos años también se dedicó a la restauración del castillo ducal de Agliè. En 1648 fue nombrado Caballero de la Orden Suprema de la Santissima Annunziata. El 6 de diciembre de 1652 fue investido con el feudo de Campo e Muriaglio y el 11 de mayo de 1653 se convirtió en Señor de Bairo.

Tras la muerte de su amada duquesa el 27 de diciembre de 1663, Carlos Manuel II convocó a Filippo y lo obligó a retirarse inmediatamente a la vida privada, abandonando todos los puestos en la corte. Habiéndose retirado a Villa Imperiali Becker, heredada de su tío en 1646, adyacente a la Vigna di Madama Reale, murió en Turín a los 63 años de edad. En los últimos años frecuentó cada vez con mayor asiduidad el convento de Monte dei Cappuccini, expresando en su testamento el deseo de ser enterrado "... en el lugar más abyecto y vil del convento". El 31 de julio de 1989, su esqueleto fue encontrado por casualidad durante los trabajos de excavación realizados en el jardín del Monte dei Cappuccini.